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如果在苹果支付时出现了不扣费成功但商品已经购买的情况，可能有以下几种原因。
1、延迟扣费：苹果支付有时会有一定的延迟，可能会在几小时或一天内完成扣费，建议稍事等待，并确认支付账户余额是否充足。
2、系统错误：可能是苹果系统出现了错误，导致扣费不成功但仍然完成了商品的购买，这种情况可能需要联系苹果客服进行解决。
3、支付方式问题：检查使用的支付方式是否正常，比如银行卡是否过期或信用卡额度是否充足等，如果使用的是支付宝或微信支付，也需要确认支付账户是否正常。
4、订单问题：检查订单状态，如果订单显示已完成，但是扣费没有成功，可以试着刷新订单状态或者重新购买一次，如果问题仍然存在，建议联系苹果客服协助解决。
如果遇到这种情况，建议尽快联系苹果客服了解具体情况并寻求解决方案，也建议检查自己的支付账户安全，确保没有被盗刷或其他安全问题。